事業承継や企業の成長戦略としてM&Aの重要性が高まる中、近年の税制改正によりM&Aを後押しする複数の減税措置が施行されました。これらの税制優遇を正しく活用すれば、買収にかかる初期コストや将来のリスクを大幅に抑えてM&Aを行うことが可能です。

本記事では、M&Aの具体的な減税措置の内容や最新の法改正のポイント、実務上の注意点について分かりやすく解説します。

M&A税制とは

M&A税制とは、企業がM&A（合併・買収）を実施する際に、国から税制上の優遇措置を受けられる制度のことです。

M&Aを行う譲受企業（買い手）は、買収資金という莫大な費用がかかるだけでなく、税金の負担も重くのしかかります。そこで、少しでもM&Aのハードルを下げ、経済成長の要となる「中小企業の経営資源の集約化」を後押しするために、こうした税負担を軽減する措置が導入されました。
具体的には、M&Aに伴う設備投資の減税や、将来の潜在的なリスク（簿外債務など）に備えた準備金の非課税積立などが認められています。

2021年度税制改正によるM&Aの減税措置

2021年4月施行の税制改正において、中小企業のM&Aを強力に後押しする「経営資源集約化税制」が創設されました。

本制度は、M&Aに伴う「設備投資の減税」「簿外債務など将来のリスクに備えた準備金の積立」「雇用確保への優遇」という3本柱からなります。買い手企業にとって、買収にかかる金銭的負担と将来リスクの両方を軽減できる画期的な仕組みです。

設備投資減税(中小企業経営強化税制)

M&A実施後の設備投資負担を軽減し、両社の相乗効果を最大限に高めるための制度が「中小企業経営強化税制」です。 M&Aで事業を引き継いだ後、生産性を向上させるために機械装置やソフトウェアなどの新たな設備投資を行うケースは少なくありません。

この制度を活用して事前に「経営力向上計画」の認定を受けると、対象となる設備投資に対して「即時償却（投資額の全額をその年の経費にする）」または「最大10％の税額控除（法人税等から直接差し引く）」のいずれか有利な方を選択できます。

例えば、1,000万円の機械を導入して税額控除を選んだ場合、最大100万円の税金が軽減される計算となり、M&A後の積極的な事業展開を強力にサポートしてくれます。

準備金の積立(中小企業事業再編投資損失準備金)

M&Aには、「買収後に帳簿に載っていない隠れ負債（簿外債務）が見つかる」という想定外のリスクがつきものです。こうしたリスクに備えるための制度が「中小企業事業再編投資損失準備金」です。事前に事業計画の認定を受けることで、買収した株式等の取得価額の「最大70％」を準備金として積み立て、その積立額をその年の経費（損金）として計上できます。

たとえば、1億円で企業を買収した場合、最大7,000万円を経費にできるため、買収初年度の法人税負担を大きく減らすことができます。結果として手元の資金を厚く保つことができ、M&Aに伴う将来の潜在的リスクを大幅に軽減できる制度です。

雇用確保を促す税額控除

M&Aにおいて事業を引き継ぐ上で、現場を支える従業員（人材）の定着は成否を分ける鍵となります。しかし、文化の違いや待遇への不安から売り手側の従業員が反発・離職してしまい、ノウハウが失われてM&Aが失敗に終わるケースは少なくありません。

こうした離職リスクを防ぎ、雇用の維持を後押しするのが本制度です。M&A後に処遇の見直しを行い、給与支給総額を一定割合以上引き上げた場合、その給与増加額の最大25％（現在の賃上げ促進税制等の枠組み）を法人税額から直接差し引くことができます。

たとえば、給与改善で年間400万円増額した場合、最大100万円の減税となり、従業員の反発防止と企業の費用負担軽減を両立できます。

M&Aの減税措置の対象者

M&Aの減税措置は利用する制度ごとに細かな要件が異なりますが、代表的な「経営資源集約化税制」を利用する場合、国が支援すべき「中小企業」であるかを確認するため、主に以下2つの基準が設けられています。

1つ目の基準は「特定事業者等」であることです。これは企業規模を「人数」で判定するもので、常時使用する従業員数が2,000人以下の法人や個人事業主などが該当します。
2つ目の基準は「中小企業者等」であることです。こちらは「資本金額」で判定するもので、資本金（または出資金）が1億円以下の法人が該当します。

要するに「従業員2,000人以下」かつ「資本金1億円以下」であれば、多くの中小企業がこの減税措置の対象になり得ます。まずはこの2つの数値を目安に、自社が当てはまるかをご確認ください。

2024年度税制改正による変更点

2024年度の税制改正により、先述の「中小企業事業再編投資損失準備金（準備金の積立）」が大幅に拡充されました。買い手企業にとってさらに有利な内容となっており、主な変更点は以下の4点です。

• 従来の制度では買収額の「最大70％」の経費化が可能でした。
  2024年度の改正により、過去にM&Aの実績がある企業がM&Aを連続して行う場合、計画認定後の1件目のM&Aで「最大90％」、2件目以降で「最大100％」まで経費として計上できる特例が新設されました。
• 準備金の据置期間の延長 積み立てた準備金をそのまま維持できる（課税を遅らせる）期間が、従来の「5年間」から「10年間」へと倍増しました。
• 対象規模（株式取得額）の引き上げ 対象となる買収額の上限が「10億円以下」から「100億円以下」へと大きく拡大されました。
• 適用期限の延長 制度の期限が「2027年3月31日まで」延長されました。

これにより、以前よりもさらに大きく初期の税負担を減らし、長期間にわたって手元資金を厚く保つことが可能となりました。

【中小企業・個人】2024年度(令和6年度)の税制改正大綱を税理士が徹底解説！

2024年度税制改正の対象者

2024年度に拡充された大幅な優遇（最大100％の経費計上など）を利用するには、通常の要件に加えて以下の厳しい基準を満たす必要があります。

• 特別事業再編計画の認定：国から「グループ一体で成長する計画」の認定を受けること
• 過去のM&A実績：過去5年以内に一定規模（1億円以上など）のM&Aを実施していること
• 株式取得によるM&A：事業譲渡ではなく、相手の「株式」を買い取る形式であること
• 規模要件：常時使用する従業員数が2,000人以下の法人・個人であること

つまり、「すでにM&A経験があり、さらに複数社を買収して成長したい」という意欲的な中堅・中小企業に向けた特例となっています。

M&Aの減税措置の目的

後継者不足による廃業を防ぐ

減税措置が設けられた最大の目的は、中小企業の後継者不足による「黒字廃業」を防ぎ、貴重な経営資源を次世代へ引き継ぐことです。

近年、中小企業の約半数以上（50％超）が後継者不在に直面しています。
その背景には、「子どもが事業を継がない（親族内承継の減少）」という理由だけでなく、「借入金の連帯保証や株式買取りの資金不足がネックとなり、優秀な従業員にも任せられない」といった複雑な事情が絡んでいます。

その結果、事業自体は好調であるにもかかわらず、やむなく廃業を選択する企業が後を絶ちません。企業が廃業すると、長年培ってきた独自の技術や特許、取引先との信頼関係、そして何より従業員の雇用が失われてしまいます。国はM&A税制を通じて「第三者への承継」のハードルを下げ、日本経済の基盤である技術と雇用の喪失を食い止めようとしています。

中小企業の生産性向上を促進

M&Aの減税措置には、単に企業を存続させるだけでなく、中小企業全体の「生産性（稼ぐ力）」を底上げするという重要な目的もあります。経済産業省や中小企業庁の調査（中小企業白書など）によると、M&Aを実施した企業は、実施していない企業に比べて、その後の売上高や労働生産性が有意に向上する傾向がデータとして示されています。

他社の優れた技術や新たな販路を取り込むことで、単独では難しかった事業規模の拡大や効率化（相乗効果）が実現しやすくなるためです。国は税制優遇を通じてこの「前向きなM&A」を後押しし、日本経済全体の活性化を目指しています。

内部留保の有効活用を促進

企業がこれまでに稼いで貯めてきた「内部留保」は、過去の法人税減税やコスト削減などを背景に増加傾向にあります。もちろん、不測の事態に備える手元資金は企業防衛のために一定程度必要です。しかし、過度な蓄積（いわゆる「貯め込みすぎ」）は経済の停滞を招きかねません。

そこで国は、企業が蓄えている資金をM&Aという「攻めの投資」へ回すよう、税制優遇で背中を押しています。内部留保が他社の買収による事業拡大や新たな雇用創出に有効活用されれば、結果として日本経済全体の活性化に直結するからです。

M&Aの減税措置を利用するメリット

キャッシュフローを改善する

M&Aの減税措置を活用する最大のメリットは、手元の資金（キャッシュフロー）が大きく改善することです。例えば、新しい機械の導入や従業員の給与アップを行った場合、「設備投資減税」や「雇用確保を促す税額控除」により、法人税から直接一定額を差し引くことができます。

さらに、買収額の一部を「準備金」として積み立てれば、その金額を会社の経費（損金）として計上可能です。これにより、M&A直後の利益を圧縮して法人税を大幅に軽減し、浮いた資金を次の事業展開や借入金の返済に回すことができます。

M&Aのリスクを低減できる

M&Aには、買収後に帳簿に載っていない「簿外債務」や予期せぬ費用負担が発覚するリスクが潜んでいます。このリスクを回避するためには、事前に弁護士や公認会計士、そして税理士などの専門家によるデューデリジェンス（買収監査）を実施し、潜在的な問題を洗い出すことが不可欠です。
しかし、中小企業においては、大企業のように数百万から数千万円もの多額の調査費用をかけることが難しい実情があります。

そこで「中小企業事業再編投資損失準備金」を活用し、買収額の最大70%〜100%を事前に経費として積み立てておくことで、万が一隠れ負債が見つかった場合でも、軽減された税金分（手元に残った資金）で安全に対処しやすくなります。専門家による事前の調査と、本税制による資金面のセーフティーネットを組み合わせることで、M&Aのリスクを大幅に低減できます。

【2026年度】グローバル・ミニマム課税の導入とM&Aへの影響

2026年度に向けて日本でも本格的な導入が進む「グローバル・ミニマム課税」は、今後のM&A戦略にも大きな影響を与えます。これは、多国籍企業の過度な節税を防ぐため、企業グループの実効税率が「最低15％」を下回る場合、不足分を追加で課税する新しい仕組みです。

これにより、M&Aの買収先が極端な節税を行っていた場合、買収後に親会社が最低税率15％に達するまでの「差額分」を追加で負担するリスクが生じます。たとえば実効税率が10％の企業を買収した場合、不足する5％分を親会社が上乗せして納税しなければなりません。

この追加負担して納める税金を「トップアップ税額」と呼びます。対象は売上約1,200億円以上の大企業が中心ですが、将来的に大企業への売却を目指す中小企業にとっても、自社の税務をクリーンに保つ重要性が増しています。

適用期限が定められている

M&Aの減税措置を利用する上で、最も注意すべきは「期限」です。2024年度の税制改正で「中小企業事業再編投資損失準備金」の適用期限は2027年3月末まで延長されましたが、油断は禁物です。

本制度を利用するには、M&Aを行う前に「経営力向上計画」や「特別事業再編計画」といった、国からの事前の認定を申請し、承認を得る必要があります。もし申請書類に不備や不足があれば審査が長引き、M&Aの実行日や決算期に間に合わなくなる恐れがあります。
税理士と連携し、期限から逆算した余裕のあるスケジュールで手続きを進めましょう。

書類作成や手続きに手間がかかる

M&Aの減税措置を受けるには、事前の「経営力向上計画」や「特別事業再編計画」の作成・申請が必須となり、経営者にとって大きな手間となります。将来の収益見通しを細かく数値化し、数十ページに及ぶ申請書類を不備なくまとめるには、膨大な時間と専門知識が欠かせません。この手続きの負担を減らし、本業に集中するためには、税理士などの専門家によるサポートが不可欠です。

キークレアでは、こうした煩雑な計画書の作成をはじめ、皆様の手続きにかかるご負担を軽減するサポートを行っております。

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M&A税制に関するQ&A

M&Aの減税措置を受けるにはどのような手続きが必要ですか？

「中小企業事業再編投資損失準備金」を活用して税負担を軽減するためには、M&Aの実行（株式取得など）よりも前に所定の手続きを済ませる必要があります。大まかな流れは以下の通りです。

1. 計画の作成・申請：「経営力向上計画」や「特別事業再編計画」を作成し、国へ申請する
2. 計画の認定：担当省庁から認定を受ける（※必ずM&Aの実行前に認定を受けること）
3. M&Aの実行：対象企業の株式等を取得する
4. 確定申告：決算時に買収額の一定割合を準備金として積み立て、確定申告書に明記して申告する

計画の認定には申請から1ヶ月〜1ヶ月半ほどかかるため、M&Aの検討初期から余裕を持ったスケジュール調整が不可欠です。

M&Aの減税措置を利用しても補助金は申請できますか？

はい、基本的には併用可能です。M&Aの代表的な補助金である「事業承継・M&A補助金」と、今回の減税措置（準備金の積立など）は同時に活用できます。
ただし、税務上の重要なルールとして「全く同じ費用に対して、補助金と税制優遇の両方を受ける（二重取り）」ことは禁止されています。

そのため、両方を併用する際は「申請の対象とする費用」を明確に分けることが重要です。具体的には、「M&A専門家への仲介手数料などは補助金で申請し、買収した株式の代金（簿外債務リスクへの備え）には税制の準備金を活用する」といった使い分けをします。
税理士と連携し、安全に両方のメリットを最大限活用しましょう。

M&Aの税制優遇を最大限活用したい方は、キークレア税理士法人へご相談ください

M&Aは企業成長の強力な手段ですが、多額の資金流出や簿外債務のリスクが伴います。しかし、「中小企業事業再編投資損失準備金」などの税制優遇を活用すれば、買収額の最大100％を経費として積み立て、法人税を大幅に軽減しながらキャッシュフローを守ることが可能です。
ただし、事前の計画認定や補助金との使い分けなど、手続きは非常に複雑です。

キークレア税理士法人では、煩雑な計画書の作成から税務DD、最終的な申告手続きまでワンストップでサポートいたします。M&Aの税制優遇を最大限に活用し、安全なM&Aを実現したい方は、ぜひお早めにご相談ください。