年末調整とは、会社が従業員に代わって1年間の所得税を正しく精算する大切な手続きです。
ですが、もしこれを怠るとどうなるでしょうか。
従業員に金銭的な負担を強いるだけでなく、会社側も法的な罰則を受けるリスクがあります。

本記事では、年末調整をしないことで生じる具体的なデメリットや対処法を解説します。
これを読めば、未実施のリスクを回避し、円滑に業務を終えるための秘訣がわかります。

会社が年末調整をしないとどうなる？

会社が年末調整を行うのは、所得税法で定められた雇用主の義務です。
したがって、事務手続きが煩雑だからといって放置することは許されません。
手続きの期限は、原則として翌年の1月31日までとされています。

ですが、実務上は12月の給与計算に合わせて完了させる必要があります。
もし期限を過ぎてしまうと、税務署への書類提出が遅れるなど、会社の事務処理能力や社会的な信頼性に疑問を持たれる原因にもなってしまいます。

年末調整はいつまで？ 　　

各種控除の申告ができなくなる

年末調整を行わないと従業員が受けられるはずの所得控除が反映されません。
これにより、本来よりも高い所得税を支払うことになってしまいます。

対象となるのは配偶者控除や扶養控除のほか、生命保険料や地震保険料の控除、さらには2年目以降の住宅借入金特別控除（いわゆる住宅ローン控除）など多岐にわたります。
キークレアのお客様からも「控除漏れで手取りが減り、従業員から不満が出た」という相談をよく伺いますので注意が必要です。

税金の還付を受けられなくなる

多くの場合、毎月の給与から引かれている所得税は少し多めに見積もられています。
そのため、年末調整をすることで差額が「還付金」として戻ってきます。
しかし手続きを行わなければこの還付が受けられず、従業員は本来もらえるはずのお金を失ってしまいます。

還付金は冬のボーナス時期の楽しみとしている方も多いため、還付がないことはモチベーション低下に直結する大きな問題といえるでしょう。

年末調整の還付金はいつ戻る？

住民税が高くなる可能性がある

住民税は前年の所得をもとに計算され、翌年6月から天引きされます。
年末調整で正しく控除が反映されていないと、自治体には「控除のない高い所得」が報告されてしまい、その結果翌年の住民税まで本来より高くなってしまうのです。

所得税の精算だけでなく翌年の家計にまで悪影響を及ぼす可能性があるため、年末調整による正確な報告は従業員の生活を守るためにも極めて重要なステップなのです。

延滞税や加算税が課される

もし会社が年末調整をせず、期限までに正しい税額を納付しなかった場合、税務署からペナルティを科されます。
納付が遅れた日数分だけ加算される延滞税や、正しく徴収・納付しなかったことに対する不納付加算税などの付帯税が課されます。
これらは本来支払う必要のない余計なコストです。

最悪の場合、税務署からの指摘を無視し続けると資産の差し押さえに発展することもあります。
会社としてのコンプライアンスが厳しく問われる事態です。

懲役もしくは罰金が科せられる

故意に年末調整を拒んだり、所得税を徴収しながら納付しなかったりする行為は脱税とみなされる恐れがあります。
その場合、1年以下の拘禁刑もしくは50万円以下の罰金といった刑事罰の対象になります。

特に悪質だと判断されれば、10年以下の拘禁刑や200万円以下の罰金という非常に重い罰則が待っています。
「少し遅れただけ」では済まされない法的責任を経営者は負っているという自覚が求められます。

確定申告の負担がかかる

会社が年末調整をしてくれない場合、従業員は自分で確定申告を行うしかありません。
不慣れな書類作成や税務署への提出作業は、従業員にとって大変なストレスです。
キークレアの顧問先様でも、過去に自力での申告を強いられた経験を持つ従業員の方が会社に対して強い不信感を抱いていた事例がありました。

余計な手間をかけさせることは、社内の人間関係や定着率にも悪影響を及ぼすリスクがあるのです。

アルバイト・パート・学生が年末調整をしないとどうなる？

アルバイトやパートの方も一定の条件を満たせば年末調整の対象です。
実施しなければ、正社員と同じく還付金が受け取れないなどの損をしてしまいます。
ただし年収が１６０万円以下で、かつ毎月の給与から税金が引かれていない場合は、そもそも精算する税金がないため対象外となります。

ですが、少しでも源泉徴収されている場合は還付を受けるために手続きが必要ですので、雇用形態に関わらず確認が必要です。

年末調整をしなくていい人とは？

実は従業員全員に年末調整が必要なわけではありません。
例えば、副業をしていて他社で年末調整を受ける人や、年間の給与収入が2,000万円を超える人は自身で確定申告を行う必要があります。

また、年収が160万円以下等の要件を満たし、毎月の給与から源泉所得税が一切引かれていない人も対象外となります。
キークレアでは、誰を対象にし、誰を対象外とするかの判断基準についてもアドバイスを行っています。
迷った際は早めにご相談いただくのが安心です。

年末調整を実施できなかった場合の対処法

もしどうしても期限までに年末調整が完了できなかった場合は、放置せずに別の手段でフォローしましょう。
従業員が不利にならないよう、会社として誠実に対応することが大切です。

確定申告を行う

一つ目の方法は、従業員に確定申告をしてもらうことです。
この際、会社は申告に絶対必要な源泉徴収票を速やかに発行しなければなりません。

ただ発行して終わりにするのではなく、申告のやり方をガイドしたり相談窓口を紹介したりするなど、会社側がサポートする姿勢を見せることで従業員の不安を和らげ、信頼関係の崩壊を防ぐことができます。

確定申告で準備するものとは？

還付申告制度を利用する

確定申告の期間すら過ぎてしまった場合でも、税金が還付されるケースなら「還付申告」が可能です。
これは対象となる年の翌年1月1日から5年間遡って申告できる制度です。

年末調整を忘れていたことに後から気づいた場合でも、この制度を案内することで従業員の金銭的損失をカバーできます。
会社としてはこうした制度の存在をしっかり伝え、必要な書類を揃える手助けをすることがトラブルを最小限に抑えるポイントです。

年末調整をスムーズに完了させる4つのポイント

年末調整は毎年やってくる忙しい時期のイベントです。
混乱を避けてスムーズに終わらせるために、私たちがおすすめしている4つのポイントをご紹介します。

最新の法改正のポイントを押さえておく

税制は毎年のように変わります。
例えば、令和6年分であれば定額減税の処理という大きなトピックがありました。
令和7年度以降も、申告書の様式変更や控除ルールの細かな修正が予想されます。

こうした最新情報を事前にキャッチしておかないと、計算ミスや書類の出し直しが発生し、現場が混乱します。
国税庁の発表をチェックするなど、早めの情報収集が業務の明暗を分けます。

事前にスケジュール管理をしておく

年末調整が間に合わない最大の原因は準備不足です。
11月には書類を配り、12月初旬には回収を終えるといった逆算のスケジュールを立てましょう。
特に証明書類の紛失による再発行には時間がかかります。

従業員に対しても「いつまでに何が必要か」を早めにかつ具体的にアナウンスすることで、直前になって慌てるリスクを大幅に減らすことができます。

年末調整の準備はいつから始める？

年末調整の電子システムを導入する

いまだに紙の書類でやり取りをしているなら、電子システムの導入を強く推奨します。
スマホで入力でき、控除額も自動で計算されるため、手書きによる記入ミスや計算間違いが劇的に減ります。
キークレアのお客様でも、システム導入によって確認作業の時間が半分以下になったという事例が多いです。

ペーパーレス化はコスト削減だけでなく、担当者の精神的な負担も大きく軽減してくれます。

税理士に依頼する

「本業が忙しくて手が回らない」「法改正への対応が不安」という場合は、プロである税理士に丸ごと依頼するのが一番の近道です。
正確な計算はもちろん、従業員からの個別の問い合わせ対応まで任せられるため、社内のリソースを本来の業務に集中させることができます。

法令遵守の面でも安心ですし、何より正確な処理によって従業員の信頼を守れるという大きなメリットがあります。

年末調整は税理士に依頼するとどこまでしてくれる？

年末調整での不安やミスを防ぐためにもキークレア税理士法人にご相談ください

年末調整は単なる事務作業の枠を超えた会社と従業員の信頼を繋ぐ大切な行事です。
万が一のミスや未実施が、会社の信用失墜や予期せぬペナルティに繋がることは経営において大きなリスクと言わざるを得ません。

私たちキークレア税理士法人は、豊富な経験を活かして貴社の年末調整が滞りなく、かつ正確に完了するよう全力でサポートいたします。
最新のデジタルツールの活用から複雑な税務判断まで、不安なことがあれば何でもお気軽にご相談ください。

貴社のスムーズな年越しと健全な経営を、私たちが支えます。