働き方の多様化により、副業やダブルワークで2箇所以上から給与を受け取る人が増えています。2か所以上から給与を受け取っている場合、年末調整の処理を誤ると税額の過不足が発生するため注意が必要です。

本記事では、2箇所から給与がある場合の年末調整の基本から、二重処理してしまった際の対応、確定申告の要否までを分かりやすく解説します。

2箇所から給与をもらっている場合の年末調整はどうなる？

2箇所以上から給与を受けている場合、年末調整は原則として給与額が多い会社（主たる給与の勤務先）でのみ行います。もう一方の勤務先の給与については年末調整の対象外となり、必要に応じて確定申告で合算して税額を精算する仕組みです。

実際、年末調整は1社でしか実施できず、副業分の所得が一定額を超える場合などは確定申告が必要になります 。

ただし、ダブルワークだからといって必ずしも確定申告が必要になるわけではなく、収入金額や年末調整の有無によって判断される点に注意が必要です。

年末調整とは？

ダブルワークで確定申告が必要になるケース

ダブルワークの場合、以下のようなケースでは確定申告が必要になります。

• 副業（年末調整されていない給与や雑所得など）の所得が年間20万円を超える場合
• 2か所以上の勤務先で年末調整を受けてしまった場合
• どの勤務先でも年末調整を受けていない場合

特に、2箇所で年末調整をしてしまうと2か所でそれぞれ控除額が反映され、本来よりも所得税が少なく計算される可能性があるため、確定申告で正しい税額に修正する必要があります。

ダブルワークで確定申告が不要なケース

一方で、次のようなケースでは確定申告が不要となる場合があります。

• 年末調整を受けていない副業所得が年間20万円以下の場合
• 給与収入が一定以下（給与所得控除後の所得が基礎控除やその他控除額内に収まる場合）

一般的に会社員は年末調整で税額が精算されるため、追加の所得が少額であれば申告義務は免除されます。ただし、この「20万円の基準」は所得税に関するものであり、住民税申告は確定申告とは別に副業をしていれば必要になるため注意が必要です。

また、複数給与の場合は源泉徴収の計算方法が異なるため、結果的に申告が必要になることもあります。

確定申告しなくていい金額とは？

年末調整を2箇所でしてしまった場合の会社側の対応

本来、年末調整は1社のみで行うべきですが、誤って2箇所で実施してしまうケースもあります。この場合、控除が重複適用されることで所得税が過少計算となる恐れがあります。

従業員から申告があった場合、会社は速やかに対応する必要があり、「自社が主たる給与か」「税務署や市区町村への書類提出前か後か」によって対応方法が異なります。

「主たる給与」「従たる給与」のどちらかを確認する

まず、従業員に対して自社の給与が「主たる給与」か「従たる給与」かを確認します。

主たる給与とは「扶養控除等申告書」が提出されている勤務先の給与を指し、通常は収入が多い方の会社です。一方、それ以外の勤務先は従たる給与となります。

この区分により源泉徴収の計算方法（甲欄・乙欄）が変わるため、年末調整の適否判断の前提として重要です。

扶養控除等申告書を取り下げる

税務署や市区町村への書類提出前であり、自社が「従たる給与」に該当する場合は、重複した年末調整を取り消します。具体的には以下の対応を行います。

1. 従業員から提出された「扶養控除等申告書」を取り下げ扱いにする
2. 年末調整の計算をやり直し、基礎控除などの所得控除をすべて取り消す
3. 訂正後の源泉徴収票を再発行する

扶養控除等申告書は本来1社にのみ提出する前提の書類であるため、重複提出は誤りです。この修正により、従たる給与は通常の源泉徴収（乙欄）として再計算されます。

従業員本人に確定申告をしてもらう

すでに税務署や市区町村へ書類提出後に誤りが判明した場合、会社側での修正は困難となるため、従業員本人に確定申告を行ってもらう必要があります。

確定申告には以下の書類が必要です。

• 主たる給与の会社の「年末調整済み源泉徴収票」
• 従たる給与の会社の「源泉徴収票」

確定申告の期間は原則として翌年2月16日から3月15日までです。この申告により、2箇所の給与を合算して正しい税額が再計算されます。

確定申告をしなかった場合のペナルティ

確定申告が必要にもかかわらず申告を行わなかった場合、以下のペナルティが課される可能性があります。

• 無申告加算税
• 延滞税

無申告加算税は申告しなかったこと自体に対するペナルティであり、延滞税は納付が遅れた期間に応じて課されます。いずれも従業員本人の負担となるため、会社としては該当者に対し早期に確定申告を行うよう案内することが重要です。

確定申告をしないとどうなる？

2箇所から給与がある場合の年末調整を正しく行うための対策

年末調整を2箇所で実施してしまうと、従業員・会社双方に手間やリスクが生じます。こうしたミスは事前の対策により防止できるケースが多いため、制度理解と社内体制の整備が重要です。

事前周知を徹底する

年末調整の書類配布時や入力依頼時に、従業員へ明確な注意喚起を行うことが重要です。

特に多いミスが、「給与所得者の扶養控除等申告書」を2箇所に提出してしまうケースです。この書類は1社のみ提出が原則であり、重複提出すると年末調整の二重処理につながります。

そのため、従たる勤務先には「従たる給与についての扶養控除等申告書」を提出するよう具体的に案内することが有効です。制度上も主たる・従たるで取り扱いが異なるため、この点の周知がミス防止の鍵となります。

副業している従業員を把握できる体制を整える

副業の有無を会社が把握できていないと、年末調整の相談ができず、結果的に誤処理につながる可能性があります。

そのため、就業規則に副業に関する申告ルールを明記し、従業員が申告しやすい環境を整備することが重要です。適切な情報共有が、正確な税務処理につながります。

よくある質問

年末調整を2箇所でしてしまったのですが、合計年収が103万円以下なら問題ないですか？

103万円以下であっても、年末調整を2箇所で実施するのは適切ではありません。年末調整は1社のみで行うのが原則であり、控除の重複適用は誤りとなります。

会社としては、扶養控除等申告書は1社のみに提出するよう従業員へ指導し、必要に応じて訂正や確定申告を案内する必要があります。

パートを2箇所で掛け持ちしている従業員の年末調整はどうなりますか？

パート勤務であっても、年末調整は原則として1か所の勤務先でのみ行います。

従業員には、収入が多い主たる勤務先に扶養控除等申告書を提出してもらい、もう一方の勤務先は従たる給与として扱います。

会社としては、どちらが主たる勤務先かを明確にし、適切な源泉徴収区分で処理することが重要です。

年末調整の疑問はキークレア税理士法人にお気軽にご相談ください

2箇所から給与を受け取る場合の年末調整は、一見シンプルに見えても、主たる・従たるの区分や確定申告の要否など判断が難しいポイントが多くあります。特に、年末調整を二重で行ってしまった場合は、対応を誤ると税負担や手続きの負担が増える可能性があります。

キークレア税理士法人では、年末調整や確定申告に関するご相談を幅広く受け付けています。実務に即したアドバイスにより、適正な税務処理をサポートいたしますので、お困りの際はお気軽にご相談ください。