個人事業主として事業が軌道に乗り、さらなる事業拡大や節税を目的として「法人成り」を検討、あるいは実施された方も多いでしょう。法人化は社会的信用の向上や税制面でのメリットが大きい反面、避けて通れないのが「税務調査」のリスクです。

本記事では、法人成り後に税務調査が入りやすい理由や、調査で特にチェックされる項目、リスクを軽減するための具体的な対策について詳しく解説します。

法人成りをしたら税務調査はどうなる？

個人事業主を廃業して法人成りをしても、税務調査の対象から外れることはありません。むしろ、法人成りという「事業形態の大きな変化」は、税務署が注目するきっかけとなります。

一般的に、法人成りをした会社には設立から3年以内に最初の税務調査が入ることが多いと言われています。特に、法人成りをした「翌年」や「翌々年」は実施されやすいタイミングです。

個人事業主時代の資産や負債を法人に引き継ぐ際、その処理が適正に行われているか、売上や経費の計上時期が個人と法人で混同されていないかなど、移行期特有のミスや不正を疑われやすいため、確認のために調査が選定されやすくなります。

税務調査とは？

法人成り後に税務調査が入りやすい3つの理由

なぜ法人成りをすると、それまで以上に税務調査を警戒しなければならないのでしょうか。
主な理由は以下の3点に集約されます。

1. 移行時の税務処理にミスが発生しやすい
2. 売上や利益の変動により操作を疑われやすい
3. そもそも法人は個人事業主より調査率が高い

それぞれの理由について詳しく深掘りしていきましょう。

①移行時の税務処理にミスが発生しやすい

個人事業主から法人へ移行する際は、単に名前が変わるだけではありません。
会計ルールが「所得税（個人）」から「法人税（法人）」へと変わり、資産の引き継ぎなどの複雑な処理が発生します。このタイミングで、意図せずとも申告ミスが発生しやすいため、税務署は「間違いがあるはずだ」という視点で調査を検討します。

具体的に発生しやすいミスは以下の通りです。

②法人成り後に売上や利益が変動すると操作を疑われやすい

法人成り前後の決算数値に急激な変動があると、税務署は「利益調整（所得隠し）」を疑います。
例えば、個人事業主時代の最後の年に多額の経費を計上して赤字にし、その分を法人初年度の利益に回すといった操作は、厳しくチェックされます。

また、法人成りには「消費税免除」という大きなメリットがあります。
資本金1,000万円未満で設立した場合等に、最大2年間消費税が免税されるルールを悪用し、消費税の納税義務を逃れるためだけに形式的な法人成り（事業実態が伴わない、または頻繁に設立・解散を繰り返すなど）を行っていないか、実態を確認される可能性が高まります。

③そもそも法人は個人事業主より税務調査を受けやすい

国税庁が発表している統計データ（令和6事務年度）によると、実地調査（実際に会社へ訪問する調査）の割合は、個人事業主よりも法人の方が圧倒的に高いのが現状です。

法人の場合、全法人数に対する調査実施率は年間で約2〜3%程度ですが、個人事業主の場合は1%を大きく下回ることが一般的です。つまり、単純計算でも法人は個人の3倍以上、調査を受けやすいといえます。

法人は個人に比べて事業規模が大きく、取引先も多岐にわたるため、申告ミスや過少申告があった際の追徴税額も大きくなりがちです。税務署としても、限られた人員で効率的に税収を確保するため、より金額的なインパクトが大きい法人を優先的に調査対象とする傾向があります。

【参照URL】
国税庁：» 令和６事務年度　法人税等の調査事績の概要

法人成りから3年間は個人事業主時代の税務調査にも注意

「法人を作ったから、もう個人事業主時代のことは関係ない」と考えるのは危険です。
法人成りから3年程度は、法人としての調査と同時に、個人事業主時代の申告内容もセットで調査されることが多々あります。

個人事業主時代の税務を時効前に確認するため

税務調査には「時効（除斥期間）」があります。

• 通常の申告漏れ：5年
• 意図的な隠ぺい・仮装（不正）がある場合：7年

法人成りをして個人事業を廃業すると、その時点からカウントダウンが始まります。

税務署としては、時効が成立して過去の不正を追及できなくなる前に、個人時代の最後の数年間の申告が正しかったかを確認しようとします。特に、廃業直前の売上が急減していたり、在庫の処理が曖昧だったりする場合、時効が来る前に調査のメスが入ります。

法人成りによる申告隠しや不正の有無を確認するため

法人成りを「過去の不適切な会計をリセットする手段」と考えている経営者が稀にいますが、税務署はそれを熟知しています。

• 個人事業主時代に売上を過少申告しており、その「隠し資金」を法人の資本金に充てていないか
• 廃業届を出すことで、過去の無申告や過少申告をうやむやにしようとしていないか

このように、法人成りというタイミングを利用した「逃げ」がないかを確認するため、あえて法人成り後のタイミングで個人時代の帳簿を精査することがあります。

法人成り後の税務調査で特にチェックされる項目

税務調査官が法人成り後の調査で重点的にチェックするのは、主に「個人から法人への切り替わり」に関連する部分です。

1. 役員報酬の設定
   個人事業主の事業主貸とは異なり、法人の役員報酬は「定期同額給与」などの厳しいルールがあります。議事録が作成されているか、毎月同額が支払われているかなど厳しく見られます。
2. 資産の移管
   個人時代の車両、備品、機械などを法人へいくらで売却したか。時価より安すぎれば個人側に贈与や譲渡所得の問題が生じ、高すぎれば法人側に寄附金の問題が生じます。
3. 在庫（棚卸資産）の引き継ぎ
   個人事業主として最後に持っていた在庫を、法人へ正しく引き継いでいるか。個人側で売上原価を水増しするために在庫を過少評価していないかがポイントです。
4. 売上等の計上時期
   個人時代の期末の売上を、意図的に法人の売上に計上していないか。法人設立日を境にした売上・経費の帰属区分は最もミスが多い項目です。
5. 経費計上の妥当性
   社長個人の自宅家賃、飲食代などが、法人の経費に混ざっていないか。個人時代よりも「法人の経費」としての厳格な証憑（領収書や記録）が求められます。

法人成り後の税務調査リスクを軽減するための対策

税務調査のリスクを下げるためには、個人事業主時代と法人成り後における取引や申告内容の「整合性」を保つことが何より重要です。移行時の処理を正確に行い、過去の記録との一貫性を意識することで、リスクは大幅に軽減できます。

法人成り後の申告内容は個人事業主時代と一貫させる

個人時代と法人成り後で、売上総利益率（粗利率）や主要な経費の割合が大きく変動していると、調査の対象になりやすくなります。例えば、急に消耗品費が5倍になった、といったケースです。

もし事業内容の変化などで大きな変動がある場合は、その理由を説明できる資料（契約書、見積書、事業計画書など）を整理して保管しておきましょう。

法人の確定申告

個人事業主時代の請求書や帳簿などは保管しておく

個人事業を廃業したからといって、帳簿を捨ててはいけません。

個人事業主時代の帳簿や請求書、領収書などは、法人成り後も原則7年間保管しておく必要があります。税務調査で「個人時代の資料がない」と答えると、それだけで「何かを隠している」と疑われ、最悪の場合は推計課税などの不利な取り扱いを受けるリスクがあります。

個人事業主時代の帳簿内容を正確に法人へ引き継ぐ

資産や負債などの引継ぎが不適切だと、税務調査で厳しく追及されます。
帳簿の内容は、税法のルールに則って正しく法人に引き継がなければなりません。

引継ぎルールの一例

• 棚卸資産は通常の販売価格の70%以上、かつ仕入金額以上で引き継ぐ
• 売掛金や買掛金は、法人成り時点の正確な残高を算出して引き継ぐ
• 固定資産（車両や備品など）は、未償却残高などの適正な時価で譲渡処理を行う
• 事務所の賃貸借契約、リース契約、保険契約などを速やかに法人名義に変更し、支払主体を明確にする

個人事業主時代のミスに気づいたら速やかに修正申告する

もし、法人成り後に「個人時代の売上を計上し忘れていた」「経費にできないものを入れていた」と気づいた場合は、税務調査が来る前に自ら「修正申告」を行いましょう。

放置したまま調査で発覚すると、過少申告加算税や重加算税という重い罰則が課されるリスクが高まりますが、税務調査の通知が来る前に自主的に修正申告を行えば、過少申告加算税が免除される（または軽減される）メリットがあります。
また、自浄作用がある経営者として、税務署からの信頼も得やすくなります。

確定申告を修正したい！ 税務調査後に修正申告が必要になったら？

税理士に誤りがないか確認してもらう

法人成りの手続きには、資産・負債の正しい評価など専門的な判断が不可欠です。
税理士に確認を依頼することで、手続きの誤りを早期に解決できます。

また、法人成りを機に顧問税理士をつけるのも有効です。設立初期からプロのチェックを入れることで、移行期のミス防止はもちろん、万が一の税務調査の立ち合いまで安心して任せられます。

法人成り後の税務調査に関するQ&A

法人成り後に税務調査が入る確率はどのくらいですか？

法人の実地調査が入る確率は全体で2〜3%程度ですが、法人成り直後は注視されやすいため、確率は少し高めになります。

特に、個人時代から売上が急増している法人や、利益率が同業他社と大きく乖離している法人、消費税の還付申告を行っている法人、現金商売で計上漏れが疑われやすい業種などは、調査が入りやすい特徴があります。

税務調査が入りやすい業種は？

法人成り後の税務調査はどのくらいの頻度で行われますか？

一般的には3〜5年に一度の頻度で税務調査が入ると言われています。
ただし、前回の調査で重加算税などの重いペナルティを受けた法人や、毎年のように売上や利益が大きく変動している法人の場合は「要注意先」として3年おきなどの短いスパンで調査が行われるようになることもあります。

税務調査はいつ来る？

法人成り後に税務調査が行われた場合、書類やデータはどこまでチェックされますか？

通常は過去3年分ですが、申告ミスがあれば5年分、不正が疑われる場合は7年分までさかのぼって調べられる可能性が高いです。

対象となるのは、帳簿、決算書、総勘定元帳、領収書、請求書、通帳（法人のみならず社長個人のものも含む）に加え、最近ではパソコン内のデータやクラウド会計の履歴、メール、さらにはSNSの投稿内容まで及ぶことがあります。

税務調査は何年分調べられる？

法人成り後の税務調査が不安な場合はキークレア税理士法人にご相談ください

法人成りは、経営者にとって大きな挑戦であり、成功の証でもあります。しかし、その裏側にある税務リスクを軽視すると、せっかく築いた利益を追徴課税で失うことになりかねません。

「個人から法人への資産引き継ぎが正しくできているか不安」「税務署から問い合わせが来たらどうしよう」と悩まれている方は、ぜひキークレア税理士法人へご相談ください。

当法人では、法人成りのシミュレーションから、設立後の複雑な会計処理、そして万が一の税務調査への立ち合いまで、経験豊富な専門家がトータルでサポートいたします。

適切な申告と対策を行うことで、税務調査を恐れることなく、本業の経営に集中できる環境を整えましょう。