インボイス制度の登録申請はいつまで？申請手続きや注意点

監修代表税理士三嶋 泰代

公開日：2024/05/24

2023年10月1日より、インボイス制度が開始されました。
このインボイス制度では、適格請求書発行事業者として登録した事業者のみインボイスを発行することができる制度です。

この登録申請手続きは、インボイス制度開始の半年前である2023年3月31日までに行う必要があります。
登録申請書を納税地の税務署へ提出し、税務署での審査を経て、登録事業者として登録が認められた場合に「登録通知書」が税務署より届くことになります。

以下では、インボイス制度の概要及び登録手続きについてご説明させて頂きます。

インボイス制度とは

インボイス制度とは、正式名称は「適格請求書等保存方式」と言い、インボイス（適格請求書）と呼ばれる決められた事項を記載した請求書等を交付し、保存することで消費税の仕入税額控除の適用を受けることができるものです。

このインボイスを発行できるのは、適格請求書発行事業者として登録された事業者のみになります。
もし適格請求書発行発行事業者でない事業者と取引を行った場合、仕入税額控除ができなくなります。

この仕入税額控除とは、売上時に受け取った消費税額から仕入・経費等で支払った際の消費税額を差し引いた差額を消費税として納税する仕組みを言います。
インボイス制度導入後は、この仕入税額控除の適用の有無がとても重要となり、適用できない場合は納税額が大幅に増額することとなります。

「適格請求書発行事業者」の登録が必要

では、この適格請求書発行事業者にはどうしたらなれるのでしょうか。
まず、納税地の税務署へ「適格請求書発行事業者の登録申請書」の提出が必要となります。

この適格請求書発行事業者は、消費税の課税事業者のみが登録できることとされています。
現在消費税の免税事業者が適格請求書発行事業者になる為には、消費税の課税事業者になる必要があり、消費税の納税が発生します。

この自社の納税負担を考え、免税事業者のままでいる事業者もあると思いますが、一方で自社の納税分を取引先が負担することとなる為、取引先の変更や値下げ交渉をされる可能性がでてくることが予想されます。
その点を踏まえて、免税事業者は選択をすることが重要になります。

インボイス制度の登録申請はいつまでに行えばいい？

この適格請求書発行事業者の登録申請は、令和3年10月1日より開始されています。

インボイス制度開始の令和5年10月1日より適格請求書発行事業者となるには、原則令和5年3月31日までに登録申請を行う必要があります。
しかし、令和4年12月23日に閣議決定した「令和5年度税制改正の大綱」の中で、令和5年４月1日以後に困難な事情の記載がない登録申請書を提出したとしても、令和5年9月30日までの申請については、インボイス制度が開始する令和5年10月1日を登録開始日として登録されることとなりましたので、原則令和5年3月31日、しかしそれ以降でもインボイス制度開始より適格請求書発行事業者となれることとなりました。

また、免税事業者が令和5年10月1日から令和11年9月30日までの間の課税期間に適格請求書発行事業者に登録をした場合、本来は消費税の課税選択届出書の提出が必要となりますが、この期間は届出書を提出する必要がなくなりました。

インボイス制度の経過措置について

このインボイス制度が始まりましたら、適格請求書発行事業者ではない事業者との取引ではすぐに仕入税額控除が受けられなくなるのではなく、6年間の経過措置が設けられています。

段階的にという点で納税額の負担も段階的に増えるのですが、一方で控除可能額が一定ではない点で申告業務が更に煩雑になると考えられます。

適格請求書発行事業者の登録申請手続き

適格請求書発行事業者の登録申請手続きには、以下の2通りの方法があります。

1. 紙による申請方法
2. e-Taxによる申請方法

この2通りの方法について、以下で詳しくお話します。

①紙による申請方法

国税庁のホームページより「適格請求書発行事業者の登録申請用紙」をダウンロードします。
書き方のフローチャートもありますので、参考にされてください。

申請書に必要事項を記入し、納税地の所轄の税務署へ提出をします。郵送される場合は、納税地管轄のインボイス登録センターへ郵送となります。
インボイス登録センターは、国税庁のホームページで検索されてください。
また申請書を郵送される場合、本人確認書類としてマイナンバーカード等の写しも必要となります。

②e-Taxによる申請方法

e-Taxにより申請も可能です。その際は、電子証明書（マイナンバーカード等）が必要となります。
また、登録申請データを作成・送信する際に、利用者識別番号も必要となります。

国税庁ホームページの「インボイス制度特設サイト」の「申請手続」から「e-Taxソフト（SP版）」を開き、順次進めていくことで登録申請・送信ができるようになっています。

登録完了後は取引先への報告も忘れずに

適格請求書発行事業者の届出を申請し、登録が完了すると、税務署より「登録通知書」が送付されます。
申請から登録にかかる期間の目安は、紙での提出の場合は1ヶ月程度、e-Taxで提出の場合は2週間程度かかるとされています。

登録が完了しましたら、取引先に速やかに自社の登録番号をお伝えしましょう。また、取引先の状況も同時に行えるとベストだと思います。

登録事業者は、国税庁のホームページに記載され、検索可能となっております。

登録申請の他に制度開始までにやっておくべきこと

インボイス制度開始までにやっておくべきことは、まずは、自社の適格請求書発行事業者の登録です。
そして取引先の登録状況及び請求書等の様式の確認。現在お使いのシステムで対応可能かどうか事前に確認をし、変更が必要な場合は早めの対応が必要となります。

システムの変更については、補助金等もありますので、自社のシステム変更が補助金対象になるかどうかも事前に確認しておくことをお勧めします。

インボイス制度への対応やスムーズな会計処理をキークレアがサポートします！

インボイス制度が開始すると、取引先が適格請求書発行事業者であるか否か、また適用税率の確認等経理業務の更なる煩雑化が予想されます。
また、消費税の申告についても、仕入税額控除額の段階的な経過措置などが発生するため、ご自身で行うことが更に困難になります。

キークレア税理士法人では、キークレアクラウド会計㈱と連携し、インボイス制度に対応した経理業務をスムーズに進められるようにご提案しています。
是非、インボイス制度についてご不明なことがございましたら、キークレア税理士法人へご連絡をお願い致します。