歯科医院の税務調査は、個人診療所で5〜10年に1回、医療法人で3〜5年に1回程度行われる傾向があります。
特に自由診療の売上計上漏れや撤去金属冠の売却収入、経費計上が重点的に確認されます。

そこでこの記事では、歯科医院の税務調査における具体的な流れやチェックポイント、直前でも間に合う事前準備について分かりやすく徹底解説していきます。

歯科医院の税務調査とは？

税務調査とは、納税者が正しく税務申告を行っているかを税務署が確認する手続きのことです。
歯科医院特有の税務調査の特徴としては、保険診療と自由診療の両方があり、さらに撤去した金属冠の売却収入といった特殊な現金収入が存在するため、一般的な事業所よりも売上計上漏れを厳しく調査される傾向にあります。

【税務調査が入りやすい歯科医院の特徴】

• 自由診療の比率が近隣の競合院と比べて著しく高い
• 売上高に対して金属売却益の計上が全くない
• 技工材料費や人件費の割合が不自然に急増している

病院・クリニックの税務調査とは？

税務調査の種類

税務調査には「任意調査」と「強制調査」の2種類があります。

任意調査とは

事前に税務署から連絡があって、納税者の同意のもとで行われる通常の調査です。歯科医院で行われる税務調査のほとんどがこの任意調査に該当します。

強制調査とは

国税局査察部が裁判所の許可状を持って強制的に行う調査のことで、巨額の脱税や悪質な隠蔽工作が疑われる場合に実施されます。

税務調査が入る頻度

歯科医院の税務調査は、個人診療所で5〜10年、医療法人は3〜5年に1回程度の頻度で入ると言われています。
ただしこれはあくまで目安ですから、長年調査がないからといって安心はできません。

特に過去に大きな申告漏れや修正申告を行った履歴がある医院や、売上が急増しているのに納税額が変わらないようなケースでは再度税務調査が入る可能性が極めて高くなります。

税務調査はいつ来る？

歯科医院における税務調査の流れ

税務調査（任意調査）は、以下のような流れで行われるのが一般的です。

• 1
  事前通知
  税務署から税理士や医院に調査実施の連絡が入ります。
• 2
  日程調整
  休診日や診療に影響の少ない日を調整します。
• 3
  実地調査
  通常2~3日程度にわたり、院長へのヒアリングや帳簿の確認を行います。
• 4
  指摘事項への対応
  事実関係を確認し、必要に応じて税務署と交渉します。
• 5
  調査結果の通知
  事実関係を確認し、問題がなければ是正なし、指摘があれば修正申告を行います。

税務調査とは？

歯科医院の税務調査でチェックされやすい8つのポイント

①自由診療の売上計上

自由診療は保険診療と違って窓口での自己負担額が大きいため、収入の漏れや時期のズレが発生しやすい傾向にあります。

特にインプラントや矯正治療などの自費収入が全額前払いや分割払いの際に、適切な時期に売上計上されているかが厳しく確認されます。そのため診療記録や請求書、入金記録は確実に保管し、帳簿へ適切に記載しておく必要があります。

②撤去した金属冠の売上計上

患者様から撤去した金歯やクラウンなどの金属冠の売却収入が、適切に計上されているかは最も確認されやすいポイントです。

この売却収入を院長のポケットマネーにするなどの未申告は、重加算税などの重い追徴課税の対象となります。税務署は買い取り業者への反面調査を行う場合があるため、管理・棚卸と売却収入に差異が出ないよう日頃から整理することが重要です。

③クレジットカード決済の計上時期

クレジットカードによる決済では、患者様が決済した日と、実際に医院の口座にお金が振り込まれる入金日にズレが生じます。

税務調査では、クレジットカード売上の計上漏れの有無や、入金日ではなく「診療実施日」を基準とした帳簿との整合性が厳しく確認されます。そのため、診療実施日を基準に計上し、明細と帳簿を細かく照合して計上漏れを防ぐことが重要です。

④予約表と日計表の整合性

税務調査では、予約記録があるにもかかわらず売上が計上されていない点を指摘されるケースが多く見られます。

また、予約がキャンセルになったのに、予約システムやカルテ上の修正が行われていない場合も、売上隠匿を疑われて指摘されてしまいます。そのため、日頃から予約表、カルテ、日計表を三者で照らし合わせて、不一致がない状態を維持することが大切です。

⑤経費計上

歯科医院の税務調査では、プライベートでの出費を経費計上しているケースが非常に多く指摘されています。

院長個人の生活費や家族の旅行代金、高級外車などの維持費を医院の経費に混ぜていないか厳しくチェックされます。

領収書や請求書を確実に保管し、私的支出と事業経費を明確に区分して、業務に関連する正当な理由を説明できるように帳簿へ記載しておく必要があります。

経費になるものとならないものとは？

⑥人件費の計上内訳

人件費を増やす目的で実際には勤務していない親族へ給与を支払っているケースは、経費の不正計上として厳しく指摘されます。

配偶者や親族が専従者として勤務している場合は、タイムカードなど勤務実態が分かる資料を準備しておくことが必要です。
また、家族や従業員の窓口負担金を免除・割引している場合、現物給与とみなされ源泉所得税の追徴課税リスクがあります。

適切な処理としては、免除・割引分を診療収入として計上したうえで、従業員は福利厚生費、親族は事業主貸として処理します。 院内で「治療費優待規定」を整備すれば、現物給与とみなされるリスクも抑えられます。

⑦歯科治療材料の在庫管理

期末に未使用の歯科治療材料は経費計上できませんが、当期の税負担を減らすために無理に経費化してしまうケースがあります。これは経費の過剰申告とみなされ、税務調査で発覚すると追徴課税の対象になります。

ですので、確定申告の際は、年末時点で在庫として残った歯科治療材料や医薬品について、必ず棚卸資産として計上し、当期の経費から外す処理を適正に行ってください。

⑧歯科技工所への取引記録

歯科技工所との取引を利用し、外注費の架空計上や水増し、売上との付け替えなどの不正が行われるケースがあるため、歯科技工所との取引記録は徹底的に確認されます。

支払額と帳簿の一致、請求書や納品書の保管状況、さらに発注内容と実際の自由診療売上の整合性がチェックされます。
請求書・発注書・支払記録を保存し、帳簿と定期的に照合して外注費と売上の整合性を確保してください。

歯科医院の税務調査に備えた事前準備

税務調査はいつ実施されても対応できるよう、日常的な資料整理と正しい会計処理による準備が大切です。

税務調査に入られてもいいように備えるための完全ガイド

速やかに必要書類を準備する

税務調査の事前通知を受け取ったら、実地調査で確認される書類を迅速に準備します。
特に収入や経費に関する資料が不足なく保管されているか、予約表や日計表などに誤記がないかを確認しておく必要があります。

万が一、事前確認で大きな誤りが発覚した場合は、調査が始まる前に自主的に対応しなければ、重いペナルティの対象になる可能性がありますから注意しましょう。

分類	内訳
帳簿	総勘定元帳、仕訳帳、現金出納帳、預金出納帳など
証憑類	領収書、請求書、納品書、契約書、預金通帳など
診療関係	カルテ、予約表、日計表、技工指示書など
人間関係	タイムカード、給料台帳、雇用契約書、源泉徴収簿など

税務調査は何年分調べられる？

想定される質問と回答を整理しておく

調査当日は、調査官の質問に対して迅速かつ正確に答えなければいけません。あやふやな回答や矛盾した発言は、不信感を抱かれる原因となります。

ですから、事前に帳簿・領収書・契約書などの整合性を確認し、売上計上のタイミングや経費の事業関連性について、自身の言葉でロジカルに説明できるように回答を整理しておくことがとても大切になります。

よくある質問	解答例
自由診療の入金タイミングは？	治療開始時に全額受領し、その時点で前受金から売上に振り替えるルールです。
金属屑の売却収入はどうしていますか？	年に数回業者に売却し、すべて「雑収入」として適切に計上しています。
この経費の事業関連性は？	歯科医療の技術向上のためのセミナー費用であり、領収書に関連書類を添付しています。

税理士に相談する

事前に税理士へ相談することで、税務調査で想定される指摘事項やリスクを事前に把握できます。
帳簿や領収書などの不備を事前にチェックし、修正すべき点を整理できるため安心です。

調査当日の対応方法や質問への具体的な受け答えについて的確なアドバイスを受けられますし、当日に税理士が立ち会うことで、税法に基づいた専門的な対応や適切な説明が可能となり、不利な交渉を防ぐことができます。

税務調査に税理士の立ち会いは必要？

歯科医院の税務調査に関するQ&A

税務調査で指摘を受けた場合どんなペナルティが課されますか？

税務調査で申告漏れなどの指摘を受けた場合、本来納めるべき税金に加えて、各種の追徴課税が課される可能性があります。
悪質な隠蔽とみなされた場合は重加算税が課されることもあります。場合によっては、財産差し押さえや刑事罰に発展するケースもあるため、決して軽視はできません。

追徴課税の種類	内容（簡潔に）
過少申告加算税	正当な理由なく申告額が少なかった場合に課される罰則税
無申告加算税	期限までに確定申告を行っていなかった場合に課される罰則税
重加算税	意図的な事実隠蔽や偽装があった場合に課される最も重い罰則税
延滞税	税金を期限までに納めなかったことに対し課される利息分の税金

歯科医院の税務調査でカルテの開示は求められますか？

自費収入の計上漏れや診療実態を確認するため、税務署から求められた範囲のカルテは原則として開示が必要となります。

ただし、カルテには患者様の病歴など極めて機微なプライバシー情報が含まれているため、調査に関係のない部分については付箋等でマスキングするなど、必要最低限の範囲に留めるよう配慮を求めることが可能です。

歯科金属売却時の会計処理はどのように行うのが適切ですか？

歯科金属を売却した際の適切な会計処理としては、売却代金を受領した日付で「雑収入」の勘定科目を用いて売上計上します。
個人事業主の場合は事業所得の雑収入、医療法人の場合も同様に雑収入として処理をします。

買い取り業者から発行される計算書や売却明細書は取引の証拠として必ず保管し、現金での受領であっても即座に帳簿へ記録します。

歯科医院の税務調査の事前準備や立ち合いはキークレア税理士法人にお任せください！

歯科医院の税務調査は、特有の勘所を押さえた事前準備と適切な当日対応が成否を分けます。

キークレアでは、多くの歯科医院様の顧問税理士として培った豊富な経験と専門知識を活かし、当日の立ち合いから税務署との交渉までトータルでサポートいたします。

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